合同管理系统中的合同变更和补充协议是两个非常重要的概念，它们也是两个不同的合同管理功能模块，

两者之间主要有以下区别：

一、定义不同

合同变更是指对原合同内容的修改、调整或删除，可能涉及合同的主要条款或关键内容的变动。变更后的合同在某些方面会发生变化，通常需要双方重新协商一致，以适应新的情况或双方的意愿。

补充协议是在原合同基础上，对未约定或约定不明确的事项进行补充约定，通常是对原合同的补充和完善。

二、性质不同

合同变更涉及对原合同主要条款或关键内容的变动，可能包括标的物、数量、金额、履行方式、违约金等重要条款的更改，变更后需要在合同管理系统中登记合同变更情况。

补充协议不会对原合同的主要条款产生根本性影响，而是对原合同的细节或遗漏部分进行补充，如约定争议解决方式、违约责任等，同时作为附件上传到合同管理系统的主合同下。

三、表现形式

合同变更需要重新签订合同或者在原合同上进行修改并加盖甲乙双方印章等。具体形式根据合同约定和法律规定而定。

在合同管理系统中，合同变更通常需要发起申请、审批、签署、更新合同信息，以确保合法性和有效性。

补充协议通常以书面形式签订，明确约定补充的内容和甲乙双方的权利义务。

补充协议的签订比较灵活，不过同样需要甲乙双方协商一致，并签署书面协议，同时保存电子版到合同管理系统中。

四、实际应用

当合同的主要条款或关键内容需要调整时，如标的物、数量、金额等发生重大变化，应采用合同变更的方式，并在合同管理系统中把合同信息做相应调整。

当合同中存在未约定或不明确的事项，或者需要对原合同的细节进行补充时，应采用补充协议的方式。

五、法律效力

合同变更需经合同甲乙双方协商一致，在原合同基础上进行变更。变更后的条款对甲乙双方具有同等法律效力，且以变更后的合同模版为准。

补充协议同样需甲乙双方协商一致，是对原合同条款或内容等的补充和解释，补充协议对甲乙双方均有约束力。

合同变更和补充协议既有区别有相辅相成，共同构成完整的合同管理体系。在合同管理系统的实际应用中，具体使用哪种方式，须根据当时的具体情况进行选择，以确保合同的合法性和有效性。